Sayangnya, sejarah awal Islam di Indonesia masih diselimuti beberapa lubang misteri dan ketakjelasan. Hal ini diakui oleh para sejarawan M. C. Ricklefs dalam bukunya, A History of Modern Indonesia since 1200 (Hampshire, 2001) menyatakan bahwa “penyebaran Islam adalah salah satu proses yang sangat penting (the most significant) dalam sejarah Indonesia, tetapi ia juga yang paling tidak jelas (the most obscure)
Pertama, sumber-sumber tulis lokal. Kurangnya sumber tertulis lokal juga dikarenakan karena tidak begitu kuatnya tradisi menulis. Jikapun ada dari sumber lain yang berbicara tentang Jawa Cina, atau pengembara dari eropa, namun ….. tidak diimbangi dengan sumber-sumber lain. Tentu saja, sumber itu ada, saya saja menemukan seperti kitab Ibnu Batutah yang terkenal juga kitab Al Hind karangan Alhamruzi. Di tengah kekaburan itu, penulis dari Belanda juga kebanyakan menulis masuknya Islam ke Indonesia itu cendrung politis. Prof. Karl A Steentrink mengatakan bahwa ada usaha-usaha sistematis dari para sarjana kolonial Belanda untuk mengecilkan peran Islam di Indonesia. Dia menulis 0pini ini dalam bukunya “Dutch Colonialism and Indonesian Islam“. Misalnya etika jawa yang dilepaskan dari pengaruh Islam” (Prof. Dr. Azyumardi Azra)
“Saya kira apa yang disampaikan oleh Prof Ricklefs itu satu pandangan umum. Berbicara tentang sejarah awal Islam di Indonesia menjadi penting dalam artian dari sana kita bisa mengetahui akar, pengaruh Islam yang masuk ke nusantara dari mana asalnya, mazhabnya, kecenderungannya. Tetapi yang dimaksud yang paling tidak jelas kalau ditanyakan dari mana asalnya Islam tersebut. Paling tidak jelas tersebut artinya, apakah bisa dipastikan dari Arab, Persia, India, Gujarat dan lain-lain. Ini yang tidak pasti” (Dr. Oman Faturrahman)
Menurut Prof. Azyumardi Azra, terdapat tiga masalah pokok yang menjadi perdebatan panjang mengenai sejarah masuknya Islam ke Indonesia, yaitu tempat asal kedatangan Islam, waktu kedatangan, dan siapakah yang membawa pertama Islam pertama kali.
Mengenai asal kedatangan Islam, para sejarawan menyebutkan adanya tiga teori
1. Teori Gyjarat
2. Teori Arab
3. Teori Persia
Pertama, teori Gujarat bahwa Ilam datang ke Nusantara oleh pedagang dan ulama Gujarat, India. Kedua, Teori Arab bahwa Islam dibawa oleh pedgang dan ulama yang berasal dari Jazirah Arab dan Mesir. Ketiga, teori Persia bahwa Islam dibawa oleh pedagang dan ulama yang berasal dari Persia. Meskipun demikian, sejarah umumnya sepakat bahwa Islam berasal dari Arab, Persia dan India.
Kapan Islam Datang ke Nusantara?
Mengenai waktu kedatangan Islam, sejarawan asing seperti Snouck Hurgronye, Moquette, Wintedt menyebutkan bahwa Islam masuk ke Nusantara pada abad ke -13 M. Sedangkan sejarawan dan sarjana Indonesia seperti Aboebakar Atjeh, Hamka, Yunus Jamil, Ali Hasymi, Alwi Shihab, dan Azyumardi Azra berpendapat bahwa Islam telah hadir di N usantara sejak abad ke-7 atau 8 M.
“Berbicara masalah masuknya Islam ke Indonesia dalam karya-karya buku sejarah disebutkan ada dua pendapat utama. Yang pertama, dari kalangan sarjana asing yang menyebutkan bahwa Islam pertama itu di Pasai. Sumber yang ada misalnya makam Malikus Saleh. Ada tulisannya dimana disebutkan Sultan Malikus Saleh yang dimakamkan di sana wafat tahun 1297 M, Berarti abad ke-13. Itu menurut pendapat sarjana asing.
Kemudian yang kedua dari para sarjana Indonesia sendiri yang didasarkan pada hasil-hasil seminar. Seminar pertama tentang sejarah masuknya Islam ke Indonesia diadakan di Medan pada tahun 1963. Disimpulkan bahwa kerajaan Islam yang tertua adalah Perlak .” (Dr. Rusdi Sufi)
“Pertama Snouck Horgronje mengatakan Islam datang ke Nusantara ini pada abad ke-13. Perbedaan itu terjadi, terutama karena para sarjana Belanda ini tidak mengakses sumber-sumber yang lain, dalam hal ini sumber Cina, Persia, Arab dan lain sebagainya. Mereka hanya mendasarkan diri mereka pada sumber-sumber riwayat perjalanan orang-orang Eropa ke Nusantara ini. Oleh karena itu, bagi mereka lslam baru datang pada abad ke-13. Padahal sumber-sumber yang lain yang saya teliti, sumber Cina, Arab, Persia dan bahkan sumber Yahudi yang sampai juga ke Nusantara. Akhir abad ke-7 dan ke-8, Islam sudah sampai ke Nusantara.” (Prof. Dr. Azyumardi Azra)
Pandangan bahwa Islam sudah masuk ke Nusantara sejak awal peradaban Islam dikukuhkan oleh tiga kali seminar nasional tentang Sejarah Masuk dan Berkembangnya Islam di Nusantara yang masing-masing diselenggarakan di Medan, Banda Aceh, dan Perlak pada tahun 1967, 1978, dan 1980. Akan tetapi, terdapat dua versi sejarah tentang siapa yang membawa masuk Islam pertama kali.
Sejarawan-sejarawan seperti Aboebakar Atjeh, Slamet Mulyana, F.A. Hosein Djayadiningrat, Baroroh Baried, Yunus Jamil, Ali Hasymi, dan Wan Azmi Husein berpendapat bahwa pembawa masuk Islam pertama kali ke Nusantara adalah penganut Syi’ah. Sementara Hamka, Azyumardi Azra, dan Saifuddin Zuhri menolak pendapat ini karena menurut mereka tidak ada bukti yang kuat tentang kehadiran Syi’ah pada sejarah awal Islam di Nusantara.